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AlexYoung

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Linux系统下的mpich安装及单机测试  

2012-11-04 01:38:35|  分类: Linux学习 |  标签: |举报 |字号 订阅

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MPI的安装及单机测试

确认机器是否安装rsh包

# rpm -aq |grep rsh

rsh-0.xx-xx

rsh-server-0.xx-xx

如果没有安装以上两个包,可以从安装碟中找到

安装包:

rpm -ivh rsh-0.xx-x

rpm -ivh rsh-server-0.xx-x

启动rsh

# /etc/rc.d/init.d/xinetd restart 或者 #service xinetd restart

检查是否启动: rsh server 监听和TCP 是514。

# netstat -an |grep 514

tcp 0 0 0.0.0.0:514 0.0.0.0:* LISTEN

如果能看到514在监听说明服务器已经启动

系统启动后进行系统服务的调整,在35级别下开启或关闭服务,具体如下:

#chkconfig --level 35 rsh on

#chkconfig --level 35 rexec on

#chkconfig --level 35 rlogin on

然后建立2个用户和2个组

分别为test、hja用户和test、work组

执行#gpasswd -a test test

#gpasswd -a hja work

配置IP地址 eth0:11.11.0。X eth1:192.168.0.X

#vi /etc/hosts

修改后应为:

127.0.0.1 localhost

11.11.0.1 node1

11.11.0.2 node2

192.168.0.1 bnode1

192.168.0.2 bnode2

#vi /root/.rhosts

把机群中所有节点的主机名加入

如:node1

node2

nodeX

X:为节点的数量

#vi /etc/hosts.equiv (建立hosts.equiv文件)

#cp /etc/hosts /etc/hosts.equiv

#cp /etc/hosts.equiv /root/.rhosts

#cp /root/.rhosts /home/test

#cp /root/.rhosts /home/hja

使root用户也可以使用rsh

#vi /etc/pam.d/login

#vi /etc/pam.d/rlogin

#vi /etc/pam.d/rexec

#vi /etc/pam.d/rsh

注释掉pam_securetty.so

执行rsh nodex(x为节点号)进行测试

SSH配置

在系统中执行ssh nodeX,在当前用户目录生成.ssh/目录

执行ssh-keygen,一路默认回车,生成id_rsa.pub文件

cat id_rsa.pub >>authorized_keys

将机群中每个机器生成的id_rsa.pub中内容全部追加到authorized_keys文件中,然后保证每台都有同一个authorized_keys文件,即可互相ssh不用认证(密码)

安装MPICH-1.2.6

#tar -xzvf mpich-1.2.6.tar.gz

#cd mpich-1.2.6

#./configure --with-device=ch_p4 --prefix=/usr/local/mpich-1.2.6 -fc=pgf77 -f90=pgf90 -cc=pgcc -cc=pgcc -fc=pgf90

#Make

#Make install

#vi /etc/profile

添加环境变量

export PATH=/usr/bin:$PATH

export MPI_ROOT=/usr/local/mpich-1.2.6

export PATH=$MPI_ROOT/bin:$PATH

export MANPATH=$MPI_ROOT/man:$MANPATH

最后执行#source /etc/profile 使更改生效。

vi /usr/local/mpich-1.2.6/share/machines.LINUX 添加节点

node1
node2
......
noden

这一步是通知mpich运行环境都有那些节点可供集群计算。每个节点都这样输入一遍。

进入examples子目录,进行单机测试。

# Make cpi
#mpicc -o cpi cpi.c
#mpirun -np 1 cpi
(告诉 MPICH 在 1 个处理器上运行程序)

#mpirun -np 2 cpi (告诉 MPICH 在 1 个处理器上运行程序)

将会获得如下信息。
Processes 0 on node1
Processes 1 on node2
……..………………..
  如果能正常运行即证明mpich软件包安装完全成功

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